Karena perhimpunan-perhimpunannya membutuhkan rumah untuk beribadah, Wesley mulai menyediakan sejumlah kapel, pertama di Bristol, New Room,[petikan diperlukan] kemudian di London (pertama The Foundery dan berikutnya Wesley's Chapel) dan di sejumlah tempat lain. The Foundery merupakan salah satu kapel pertama yang dipergunakan oleh Wesley.[42] Lokasi The Foundery diperlihatkan pada sebuah peta abad ke-18, yang di dalamnya menginformasikan letaknya di antara Tabernacle Street dan Worship Street, di daerah Moorfields di London. Ketika Wesley bersaudara melihat bangunan yang berdiri di atas Windmill Hill itu, di sisi utara Finsbury Fields, struktur yang sebelumnya digunakan Royal Ordnance untuk mencetak mortir dan senjata kuningan itu telah dibiarkan tidak ditempati selama 23 tahun, sejak peristiwa ledakan pada 10 Mei 1716.[43]

Kapel Bristol (dibangun tahun 1739) mulanya berada dalam pengawasan sejumlah wali amanat. Suatu perjanjian utang yang besar dibuat, dan teman-teman Wesley mendesaknya agar mempertahankannya di bawah pengelolaannya sendiri, sehingga akta tersebut dibatalkan dan beliau menjadi satu-satunya wali amanat.[44] Mengikuti preseden tersebut, semua kapel Metodis dipercayakan dalam perwaliannya sampai adanya suatu "akta deklarasi", segala kepentingannya dalam kapel-kapel tersebut dipindahtangankan ke suatu badan pengkhutbah yang disebut "Legal Hundred".[45]

Ketika timbul kekisruhan di antara sejumlah anggota perhimpunan-perhimpunannya, Wesley mengadopsi pemberian "tiket" kepada para anggota, dengan nama-nama mereka yang ditulis dengan tangannya sendiri. Tiket-tiket tersebut diperbarui setiap tiga bulan. Mereka yang dianggap tidak layak tidak menerima tiket baru dan keluar dari perhimpunan tanpa gangguan. Tiket-tiket tersebut dipandang sebagai surat-surat penerimaan.[46]

jmpl|lurus|Patung Wesley menunggang kuda di halaman kapel "New Room" di Bristol. Bristol sering menjadi basis Wesley sepanjang tahun 1740-an dan 1950-an.

Bilamana utang pada suatu kapel menjadi beban, dikemukakan bahawa salah seorang di antara 12 anggota perlu mengumpulkan persembahan secara teratur dari 11 anggota yang dialokasikan kepada Wesley. Dari hal ini berkembang sistem pertemuan-kelas Metodis pada 1742. Agar dapat tetap mengeluarkan anggota yang tidak layak dari perhimpunan-perhimpunan, Wesley menetapkan suatu sistem percobaan. Beliau melakukan kunjungan rutin ke setiap perhimpunan, yang kelak menjadi konferensi atau visitasi (kunjungan) triwulanan. Seiring dengan bertambahnya jumlah perhimpunan, Wesley tidak lagi dapat menjalin kontak secara personal, sehingga pada 1743 beliau menyusun satu set Aturan Umum untuk "United Societies" itu.[47] Peraturan tersebut merupakan inti dari Discipline Metodis, yang tetap menjadi landasan.

Wesley meletakkan dasar-dasar dari apa yang sekarang merupakan organisasi Gereja Metodis. Seiring berlalunya waktu, terbentuk pergeseran pola dari perhimpunan, "litar", pertemuan triwulanan, konferensi tahunan, kelas, kelompok, dan perhimpunan pilihan.[47] Di tingkat lokal, terdapat banyak perhimpunan dengan ukuran berbeda yang dikelompokkan ke dalam litar-litar yang di dalamnya ditunjuk pengkhutbah-pengkhutbah keliling untuk periode dua tahun. Para penjawat litar bertemu setiap tiga bulan dengan dimoderatori seorang "asisten" atau pengkhutbah keliling senior. Konferensi dengan Wesley, para pengkhutbah keliling, dan yang lainnya dihimpun setiap tahun untuk tujuan mengoordinasi doktrin dan disiplin demi hubungan keterikatan secara keseluruhan. Kelas-kelas yang terdiri dari selusin atau lebih anggota perhimpunan bertemu setiap minggu untuk bimbingan dan persekutuan rohani di bawah kepemimpinan seorang pemuka. Pada tahun-tahun awal, terdapat sejumlah kelompok dengan anggota-anggota yang disebut memiliki kurnia rohani, yang secara sedar mengejar kesempurnaan. Mereka yang dianggap telah mencapainya dikelompokkan dalam kelompok-kelompok atau perhimpunan-perhimpunan pilihan. Pada 1744, terdapat 77 anggota dengan kategori demikian. Terdapat pula kategori peniten yang terdiri dari para "backslider".[47]

jmpl|kiri|Rumah Wesley, di sisi Wesley's Chapel, City Road, London.

Karena peningkatan jumlah pengkhutbah dan tempat berkhutbah, hal-hal administratif dan terkait doktrin perlu didiskusikan; sehingga John dan Charles Wesley, bersama empat klerikus lain dan empat pengkhutbah awam, bertemu untuk pertukaran fikiran pada 1744. Ini merupakan konferensi Metodis pertama; selanjutnya, konferensi tersebut (dengan Wesley sebagai presidennya) menjadi badan tertinggi gerakan Metodis.[48] Dua tahun kemudian, guna membantu para pengkhutbah bekerja secara lebih sistematis dan perhimpunan-perhimpunan menerima layanan secara lebih teratur, Wesley menunjuk para "penolong" untuk litar-litar. Setiap litar memasukkan setidaknya 30 janji bertemu per bulan. Percaya bahawa efiensi pengkhutbah distimulasi oleh rotasinya dari satu litar ke litar lainnya setiap satu atau dua tahun, Wesley menetapkan sistem berkeliling atau "itinerancy" dan mensyaratkan agar para pengkhotbahnya tunduk pada peraturan tersebut.[49]